IAIN Padangsidimpuan, yang baru beralih status dengan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 52 Tahun 2013 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Padangsidimpuan Menjadi Institut Agama Islam Negeri Padangsidimpuan, berupaya mengubah paradigma dengan pengembangan sistem manajemen, pengembangan kelembagaan, dan penyesuaian kurikulum berbasis Kompetensi yang mengacu pada Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI), sesuai dengan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia. Di samping itu, percepatan peningkatan sumber daya manusia, pembangunan infrastruktur, dan pengadaan sarana prasarana terus ditingkatkan.
Dengan demikian, pendidikan diharapkan tidak hanya mencerdaskan, tetapi juga bisa memberikan keterampilan untuk menjadi tenaga profesional yang skill full, dan diharapkan menghasilkan lulusan yang siap bersaing di dunia kerja, mempunyai jiwa kewirausahaan, mempunyai karakter dan budaya kebangsaan, dapat mengembangkan keilmuannya dengan berbagai riset, dan selalu membawa nilai-nilai islami dan kearifan lokal.
Dalam konteks inilah, Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Padangsidimpuan, sebagai sebuah lembaga pendidikan tinggi Islam, terus dikembangkan secara berkelanjutan. IAIN Padangsidimpuan yang diinginkan bukan saja unggul (exellent) dalam ilmu-ilmu keislaman, tetapi juga unggul dalam pengembangan beragam rumpun keilmuan dalam konteks global. IAIN Padangsidimpuan, disamping memiliki Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum, Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, diharapkan akan muncul Fakultas lainnya, seperti Fakultas Ilmu Sosial dan Politik serta Fakultas Sains dan Teknologi.